Thông tư được áp dụng đối với tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài, các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan đến hoạt động nạo vét luồng hàng hải, khu nước, vùng nước trong vùng nước cảng biển theo hình thức kết hợp tận thu sản phẩm bù chi phí nạo vét và quản lý nhà nước về hàng hải đối với hoạt động thăm dò, khai thác khoáng sản trong vùng nước cảng biển và luồng hàng hải.
Cũng theo Thông tư, tháng 01 hàng năm, căn cứ kế hoạch, nhu cầu phát triển, khai thác cảng biển, lưu lượng tàu thuyền và hàng hoá thông qua cảng biển, dự kiến mức độ sa bồi và kinh phí thực hiện, Cục Hàng hải Việt Nam tổ chức lập danh mục các dự án khuyến khích thực hiện nạo vét kết hơp tận thu sản phẩm, không sử dụng ngân sách nhà nước trình Bộ Giao thông vận tải xem xét, phê duyệt.
Danh mục các dự án phải có những nội dung chủ yếu sau:
a) Tên dự án (tên tuyến luồng hàng hải, khu nước, vùng nước trong vùng nước cảng biển);
b) Mục tiêu của dự án;
c) Địa điểm thực hiện dự án;
d) Tóm tắt các thông số kỹ thuật, chuẩn tắc thiết kế chủ yếu của công trình, khối lượng nạo vét dự kiến, thời gian thực hiện.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01 tháng 11 năm 2013.